近日,中国农业科学院郑州果树研究所桃遗传育种团队首次集成桃基因组、表观遗传组、群体遗传变异及多维度表型数据,并深度整合基因编辑设计与全基因组关联分析等工具,发布桃多组学数据库PeachMD。该研究为推动桃分子育种和功能基因组学研究提供数据支持。相关研究成果发表在《分子园艺(Molecular Horticulture)》上。
当前,桃遗传育种研究产生了海量的基因组、转录组、表观遗传组等多维度数据。如何高效整合和深度挖掘这些庞大复杂的数据,是研究者面临的关键挑战。
该数据库系统整合了桃研究的多组学资源。其中,基因组方面整合12个桃基因组,支持基因组间比较分析。转录组方面汇集329个转录组数据集,涵盖不同组织与发育阶段。表观遗传组方面包含102个全基因组甲基化测序数据。群体变异与表型数据方面整合1313份桃种质资源基因组数据和关联的13类关键农艺性状表型。
该数据库不仅包含大量数据,更提供了强大的分析功能。便捷检索功能支持通过基因ID、启动子、蛋白结构域等多种方式查询基因信息?;虮冉瞎ぞ呖梢苑奖阌没г诓煌慰蓟蜃榧浣谢蛭恢米槐榷浴S盅芯抗ぞ呓虮嗉械闵杓朴肴蜃楣亓治龉ぞ吡?,覆盖从基因挖掘到分子设计育种的完整流程。数据库显著提升了数据获取与分析的效率,将有力推动桃功能基因组学深入研究和分子育种技术的加速发展。
该研究得到了国家自然科学基金、中国农业科学院科技创新工程等项目资助。(通讯员 赵倩)
原文链接:https://doi.org/10.1186/s43897-025-00157-z