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　　按照科学技术部、财政部、中编办《关于农业部等九个部门所属科研机构改革方案的批复》（国科发政字[2002]356号）的精神，在中国农业科学院原子能利用研究所学科调整的基础上，中国农业科学院农产品加工研究所于2003年12月19日正式挂牌成立。
　　建所以来，农产品加工所围绕我国产业结构调整、农业产业化过程中的关键技术需求和中国农业科学院“三个中心、一个基地”建设战略目标，结合我国农业生产、食品科学和居民消费的自身特点，以学科建设为核心，按照市场要求进行大胆改革与创新，极大地调动了广大职工的工作积极性和创造性，在机构调整、制度建设、科研与学科建设、产业发展、人才引进与培养、后勤服务等方面都取得了较好的效果。
　　一、农产品加工研究所的组建
　　在2003年2月份，农产品加工所完成了对原原子能所学科的重大调整。辐射育种、生物技术、环境生态、辐射昆虫不育等学科分别进入了作物所、生物所、环发所、土肥所和植保所。在此基础上，吸引作物所、品资所有关从事农产品加工研究的力量，开始了建设食品科学与工程学科和组建中国农业科学院农产品加工研究所的工作。
　　农产品加工研究所成立后，不断摸索研究所的发展道路，按照中国农科院“三个中心、一个基地”的战略目标，在广泛听取各方意见和建议的基础上，通过多次讨论和研究，制定并完善了农产品加工研究所的建设方案，明确了研究所的总体发展目标和各阶段发展目标、学科调整的原则和学科建设的方向、产业发展目标和管理方式、管理机构与人员组成等一系列事关研究所发展的战略性问题。
　　总体发展目标：争取用5～10年时间，构建中国现代化的，具有农业产业背景和农产品加工特色的食品科学与工程的研究、试验、中试中心，食品工程技术的孵化中心，农产品产业化开发的示范中心及食品科学与工程高级人才的培养基地，为发展我国农产品加工业提供关键技术、现代工艺和新产品。利用科研和技术优势，联合相关企业，组建加工企业和企业集团研发中心，提高研究所的创新和创收能力。
　　学科建设规划：农产品加工研究所将重点建设4个中心，即食品科学研究中心（包括6～8个实验室）、农产品加工工程中心、辐照产品监督检验测试中心及食品科学与技术咨询中心。
　　科研工作重点：研究所近期科研工作重点包括产业结构调整，农业产业化关键技术与产品、食品质量与安全监督保障关键技术与产品、功能食品和新资源食品的开发与利用技术，以及食品加工新工艺、新技术、新产品等。
　　二、科技体制改革稳步向前推进
（一）机构改革
1、研究体系设置
　　撤销了研究室建制，设立食品科学研究中心，下设食品化学与营养、微生物与发酵工程、食品质量与安全、农产品辐照与贮藏、功能食品、食品工艺六个实验室。
根据食品科学与工程学科的特点和研究服务对象，组建了可进行工业化生产示范的、能达到中试水平的农产品加工工程中心；依靠我所的研究和开发力量，扩建了农产品质量监督检测检验中心；建立了联系企业、用户、消费者和研究所科技人员的咨询服务中心。
2、管理机构设置
　　将党办人事处和行政办公室合并为综合办公室，工作人员由建所前的7名精简为4名，管理队伍更加精干，工作质量和效率得到提高。综合办公室主要承担全所党务、人事、行政、财务、固定资产、离退休人员管理等工作。
科技处承?？蒲泄芾?、成果转化、科技开发、外事、研究生管理、科技档案、图书、学会、期刊等管理工作。
3、服务保障机构设置
　　后勤基建中心承?；ǎü婊虢ㄉ韫芾恚┖秃笄诓棵?水、电、暖、绿化、卫生、保卫及综合治理等)工作；
房地产管理部承担全所房屋和土地使用管理。
（二）学科设置
　　依据研究所总体发展目标，在认真分析本所学科发展的基础、条件和优势的基础上，确定了六个重点学科领域。
1、食品加工工艺：我院一级岗位杰出人才魏益民教授担任首席专家。主要从事食品加工技术和工艺研究。近期研究重点是利用质构重组技术，研究和开发淀粉、蛋白质和果品资源加工原理、技术、工艺和产品。目前承担的主要课题与项目有：主要粮食油料作物品种加工适用性研究；加入世贸组织与农业科技政策研究；“食品安全关键技术”信息共享平台建设；千岛湖野娇娇食品有限公司合作开发；高水分大豆蛋白组织化加工技术引进等。
2、功能食品：我院二级岗位杰出人才王强研究员担任首席专家。主要进行功能性食品和新资源食品的研究与开发，包括天然活性因子的识别、分析检测技术与方法研究、生物活性物质分离提取、纯化技术及工艺，以及功能因子作用机理、功能性评价、毒理学评价、功能食品加工标准体系与全程质量控制体系研究。目前承担的主要课题与项目有：功能食品加工技术研究与产品开发；类胡萝卜素等天然产物高效提取技术与产品开发；农产品加工标准体系与全程质量控制体系研究与示范；果蔬茶及其加工产品质量标准研究；特用大豆加工特性研究与功能性产品的开发；高蛋白米粉、保鲜米粉品种筛选及加工工艺研究等。
3、农产品辐照与贮藏：我院二级岗位杰出人才哈益明教授担任首席专家。主要从事农产品辐照及贮藏保鲜技术研究，包括农产品贮藏保鲜基础研究、农产品和食品的辐照加工技术研究，产业化应用技术研究，及农产品相关标准的制定。目前承担的主要课题与项目：食用农产品辐照加工基础与工艺技术研究；食品储藏包装与运输过程中安全性控制技术；冷藏肉及熟肉制品延长保质期技术研究；宁夏羊肉加工关键技术研究与新产品开发；主要农作物大面积丰产后仓储技术研究；应用辐照保证切割甘蓝的卫生安全；食品辐照在食物卫生、安全和贸易中的应用等。
4、食品微生物与发酵工程：我院二级岗位杰出人才吕加平研究员为学科带头人。主要从事食品微生物资源开发及应用和食品微生物污染机制及监控技术的研究。包括发酵食品高新技术研究和产品开发，发酵工程优良菌株、食品发酵剂和益生菌优良菌株的选育及应用技术研究，微生物酶学特性及应用技术研究，微生物对产品质量的影响机理及监控技术等。目前承担的主要课题与项目：适合中国市场消费的发酵乳制品加工技术研究和新产品开发；L-乳酸高产优良菌株的筛选及发酵条件研究；牛羊肉品加工和综合利用技术的研究和产业化；益生菌产业化技术研究和产品开发；杏仁的综合加工技术研究与产品开发等。
5、食品质量与安全：我院三级岗位杰出人才潘家荣研究员担任首席专家。主要从事食品安全关键技术研究，包括国内外食品安全法规体系、食品安全技术平台建设、食品安全数据库建设。目前承担的主要课题与项目：转基因生物安全性评价—生物转基因成分放射免疫检测试剂盒的研制；食品中高度有机磷农药残留快速检测技术研究等。
6、食品化学与营养：我院二级岗位杰出人才木泰华研究员任首席专家。主要进行非加热技术（超高压及高压脉冲电流）在农产品加工和贮藏上的应用研究。特别是通过对蛋白质的变性、聚合、凝胶化、物化和功能特性的解析，探索动植物蛋白质在食品工业中的应用。目前承担的主要课题与项目：非加热技术在农产品加工和贮藏上的应用；甘薯深加工关键技术研究与产业化示范；甘薯水溶性蛋白的提取及其物化特性的研究；“甘薯可溶性蛋白分离提取及其物化特性研究”。
（三）人事管理制度改革
　　根据新学科发展和改革的要求，重新设计了行政、科研和技术服务岗位；提出了具体的岗位职责，既有日常业务的岗位职责，又涉及到了岗位长远发展的岗位职责。
对中层及以下干部全部实行竞聘上岗。中层干部采取公开报名、现场答辩和党政联席会议研究相结合的办法，产生了中层干部7名。其它岗位鼓励全所职工参与，经过本人申请、公开答辩、民主评议、张榜公示，产生了各类岗位人员43位。按照研究所关于竞聘上岗的有关规定，研究所与竞聘上岗人员全部签订了聘用合同。为了加强对上岗人员的教育，提高工作能力和效率，先后进行了中层干部培训和一般管理、服务人员培训，收到了较好的效果。
　　为把人事制度改革措施落到实处，制定了职工年度工作考核办法：考核坚持实事求是、客观公正、民主公开和注重工作业绩的原则；考核内容包括德（政治思想表现和职业道德表现）、能（学识水平、政策水平、业务技术水平及管理能力的运用、发挥和创新）、勤（工作态度、爱岗敬业、遵纪守法和日常出勤情况等）、绩（签订的年度目标任务完成情况）四个方面；考核领导小组由所领导、部门负责人及职工代表组成，考核领导小组对被考核人的述职报告进行评议和讨论，按照考核标准将被考核人的工作定为优秀、称职、基本称职或不称职。
（四）分配制度改革
　　配合人事制度的改革，研究所对分配制度进行了相应的改革。改革的基本原则是：以岗定责，以责定绩，按绩取酬，责利与风险挂钩。改革后的职工的工资由基础工资、岗位工资、绩效工资、奖励工资四部分组成。
　　基础工资为职工本人的原职务工资或等级工资；
　　岗位工资实行系数与基数制，不同岗位执行不同的系数；
　　绩效工资与每个部门的经济收入、个人贡献挂钩，上不封顶，下不保底。职工年度考核在称职以上，享受绩效工资；不称职，不享受绩效工资；基本称职的，享受50%的绩效工资；
　　综合办公室、科技处和后期基建中心等部门有关人员的奖励工资，由所领导根据当年的经济奖状决定是否发放及发放金额；各企业根据本部门当年取得效益情况决定是否发放及发放数额，报人事部门和所领导批准，未完成目标任务不发放奖励工资。
（五）服务体系改革
　　后勤服务按照“管理科学化、保障法制化、服务社会化”的目标进行改革。将后勤服务业务从行政办公室剥离出来，组建了后勤基建中心。按照管理职能和服务职能分开的原则，行政管理职能集中到综合办公室，一般事务性和服务性工作，交由后勤基建中心承担。后勤基建中心实行聘任制和有偿服务，其业务主要包括基建（规划与建设管理）和后勤(水、电、暖、绿化、卫生、保卫及综合治理等)两个部分。
　　后勤服务